9月1日に発生した関東大震災で、横浜港の施設も壊滅的な被害を受けました。赤レンガ倉庫も、2号倉庫は倒壊を免れましたが、1号倉庫は中央部分が崩れ落ちるなど大きな被害を受けました。この震災で多くのレンガ造の建物が倒壊し、その後は鉄筋コンクリート造が主流となりました。現存するレンガ造の建物は数少なく、貴重な建築遺産です。