第二次世界大戦が始まると、海外との貿易は途絶え、赤レンガ倉庫は戦争における軍事物資の補給基地になりました。終戦後は、横浜都心部の多くの施設とともにGHQに接収(※)され、アメリカ軍の港湾司令部として使用されることになり、事務所や食堂が置かれ、港湾倉庫としての機能は止まりました。
※「接収」とは強制的に取り上げられることです。日本は敗戦後、重要な施設や建物を取り上げられてしまいました。